Eliot C. Bush

Professor of Biology

F.W. 奥林科学中心1240室
301 Platt Blvd.
Claremont, CA 91711
909.607.0653
Eliot_Bush@qhtaobao.com

教育及专业经历

• AB, Harvard University
• 加州理工学院博士
• 美国芝加哥大学博士后

Research Interests

我们目前的工作是在微生物基因组进化领域. 我们已经开发了一种计算方法来重建基因组岛插入在密切相关的微生物分支中的历史(link to xenoGI site). 我们现在正在改进这种方法的各个方面, 并用它来研究生命之树的水平迁移模式. 更多的信息可以在我们的网站上找到 lab web site.

For a Wider Audience

• 我们的进化历史可以告诉我们人工智能的未来 (科学美国人11/2023)
• 在人类最早祖先出现的地方，时间的意义 (科学美国人6/2020)
• Video: 我们怎么知道大流行冠状病毒来自哪里?
• Blog

Teaching

• 生物46:生物导论
• CS5 Green:以生物学为主题的计算机科学入门
• Bio 23: Biology laboratory
• 生物118b:计算生物学导论
• 生物188:高级计算生物学
• Bio 129: Human evolution

Publications

计算生物学教材

• Libeskind-Hadas R, and Bush E. 生物学家的计算:Python编程和原理. Cambridge University Press. 2014.

文章及章节选集

• *Liu, N., *Gonzalez TA, *Fischer J, *Hong C, *Johnson M, Mawhorter R, *Mugnatto F, *Soh R, *Somji S, Wirth JS, Libeskind-Hadas R, and Bush EC. xenoGI 3:使用DTLOR模型重建微生物分支中基因家族的进化. BMC Bioinformatics. 24(295). 2023.
• Wirth JS, Bush EC. 用PHANTASM自动化微生物分类学工作流程:微生物分类学和系统学的系统发育分析. Nucleic Acids Research. 51(7). 2023.
• *刘杰，Mawhorter R， *Liu I， *Santichaivekin S， Bush E, Libeskind-Hadas R. DTLOR模型中的最大简约对账. BMC Bioinformatics. 22(394). 2021.
• Bush EC， Adolph SC, Donaldson-Matasci MC, Hur JH，和Schulz D. 将编程、建模和数据分析纳入生物学入门课程. 大学科学教学学报. 50(3). 2021. [PDF]
• Bush EC, *Clark AE, *DeRanek CA, *Eng A, *Forman J, *Heath K, *Lee AB, Stoebel DM, *Wang Z, *Wilber M, *Wu H. xenoGI:重建在密切相关的细菌分支中基因组岛插入的历史. BMC Bioinformatics. 19(32). 2018. [bioRxiv preprint]
• *Wong GT, Bonocora RP, *Schep AN, *Beeler SM, Fong AJ, *Shull LM, Batachari LE, *Dillon M, Evans C, *Becker CJ, Bush EC， Hardin J, Wade JT, Stoebel DM. 大肠杆菌K-12中不同RpoS水平的全基因组转录响应. J Bacteriol. 199:e00755-16. 2017.
• Drewell, RA, Bush EC， *王国强，*Beeler m， *Stringham JL, Lim J, Gouldie F, Oldroyd BP. 蜜蜂从卵子到精子的动态DNA甲基化循环. Development. 141(13):2702-11. 2014.
• *Beeler, SM， *Wong GT，郑建民， Bush EC， Remnant EJ, Oldroyd BP, Drewell RA. 珠宝蜂(Nasonia vitripennis)全基因组DNA甲基化图谱. G3: Genes Genomes Genetics, g3-113. 2013.
• Bush EC， Clark AE*， DeBoever CM*， Haynes LE*， Hussain S*， Ma S*， McDermott MM*， Novak AM*， Wentworth JS*. (2012) 负协同在代谢调节和体内平衡中的作用建模. PLoS ONE 7(11): e48920.
• 刘建军，刘建军，刘建军，刘建军，刘建军，刘建军 & Bush EC. 背景依赖性替代偏差在人类基因组中各不相同. BMC Bioinformatics, 11(462). 2010.

* undergraduate author

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